Монастырь Аджина-Тепа рассказывает об истории Вахшской долины как части страны, которая в древние времена именовалась Бактрия. С IV века нашей эры она становится известной историкам как Тохаристан. В состав Бактрии (Тохаристана) входили центральные, восточные и южные части современного Таджикистана (районы республиканского подчинения, Хатлонская область, Горный Бадахшан), север Узбекистана и юг Афганистана.

«Это были глубокие и насыщенные века в истории нашего края. В VI веке до нашей эры территория была завоевана ахеменидским царем Киром. На смену ему в IV веке до нашей эры пришли войска Александра Македонского, в III веке до нашей эры — государство Селевкидов, затем — Греко-Бактрийское царство, — рассказывает директор музея древностей Таджикистана, доктор исторических наук, академик Рахим Масов. — Потом Бактрия входила в Аршакидское царство. Следующим этапом исторического развития Таджикистана является вхождение Тохаристана в Кушанскую империю в I-IV веках нашей эры, на смену которой в V-VI веках пришли эфталиты. В VII веке устанавливается власть Тюркского каганата. Через Тохаристан проходил Великий шелковый путь, который соединял Среднюю Азию с государствами Средиземноморья и Индией. Экономика процветала, господствовали в разное время разные религии, в период Ахеменидского правления – зороастризм, в период правления Кушан — буддизм».

Всему этому наступил конец, когда в первой половине VIII века Средняя Азия подверглась нашествию арабов, которые огнем и мечом выжигали, уничтожали существующую культуру, разрушали все исторические памятники. Был разрушен и буддийский культовый храм в Аджина-Тепе. Через много столетий благодаря археологам до нас дошли отголоски тех событий.