Bis zur Mitte des ersten Jahrtausends v. Chr. war das Gebiet des modernen Tadschikistans in den Gebieten des Amudarjas und des Sirdarjas von ostiranischen Stämmen bevölkert. Baktrien und Sogdien waren die ältesten Staaten, die entlang den Bänken des oberen und mittleren Amudarja lagen. Im 6. bis 4. Jahrhundert v. Chr. waren diese Staaten Teil des von Persern gegründeten achämenidischen Reichs. Der landwirtschaftliche Bereich Sogdiens, der das Ferghana- und Serafschan-Tal umfasste und sich im Westen zum Bucharagebiet erstreckte, spielte eine wichtige Rolle im internationalen Handel, da die Handelsrouten China und Zentralasien miteinander verbanden. Der achämenidische Staat zerfiel 330 v. Chr. auf Druck von griechisch-mazedonischen Kräften. Baktrier, Sogden und andere Menschen Zentralasiens wurden trotz ihres heroischen Widerstands gegenüber der Armee von Alexander dem Großen erobert.

200 Jahre später stürzte die Bevölkerung von Baktrien und Sogdien zusammen mit nomadischen Massagetenstämmen die griechisch-mazedonische Herrschaft. In Baktrien wurde ein Staat gegründet – Tocharistan, der später zusammen mit Sogdien Teil des großen Königreichs Kushana wurde. Die Seidenstraße verlief durch Tocharistan und Seide wurde auf den Märkten in der Nähe des Flusses Tarim gekauft und an die Länder der griechisch-römischen Reiche des Westens geliefert. In umgekehrter Richtung aus Rom und Byzanz wurden Glasprodukte (z. B. Kristallglaswaren und dünne mehrfarbige Glaswaren) nach China importiert. Aus Zentralasien wurden Artikel wie Verzierungen und Juwelen und aus Indien wurden Artikel wie Papier, Wollstoffe und Gewürze importiert.
Im 5. Jahrhundert waren Tocharistan, Sogdien und andere Gebiete Zentralasiens unter der Herrschaft von Hephtaliten und später im 6. Jahrhundert besetzten nomadische, türkischsprechende Stämme dasselbe Gebiet. Sogden hatten einen großen Einfluss auf die Nomaden, die sich während ihrer Besiedlung mit der lokalen Bevölkerung mischten. Während der 6. und 7. Jahrhunderte gab es in Tocharistan und Sogdien viele Sklaven und zur gleichen Zeit hatte bereits die Bildung eines Feudalsystems begonnen. Infolgedessen entwickelten sich Wirtschaft und Kultur schnell. Eisen, Kupfer, Lasurit und Rubine wurden in Minen gefördert, Bewässerungskanäle wurden gebaut und trockene Orte wurden bewässert. Die Wichtigkeit feudaler Städte begann, zuzunehmen und das Handwerk und der Handel entwickelten sich. Die Hauptsprachen waren Baktrisch und Sogdisch – ostiranische Sprachen. Viele unabhängige Fürstentümer entstanden mit der Entwicklung feudaler Beziehungen. Aber sie waren schwach und konnten den Arabern nicht standhalten, die im 7. und 8. Jahrhundert in Zentralasien einmarschierten.

Die Bevölkerung von Sogdien und Tocharistan kämpfte unermüdlich um ihre Befreiung. Aufgrund von andauernden Revolten wurde es für die Araber schwierig, mithilfe ihrer Generalgouverneure die Kontrolle über Zentralasien beizubehalten; daher mussten sie immer öfter die Hilfe ihrer feudalen Partner in Anspruch nehmen. Ihre Teilnahme ebnete den Weg zur Befreiung Zentralasiens von der arabischen Herrschaft. Somit bildete sich der tadschikische Staat der Samaniden am Ende des 9. Jahrhunderts unabhängig von dem Bagdad-Kalifat (Nachfolger Mohammeds). In seiner größten Wachstumsperiode erstreckte sich das Samanidenreich von den Wüsten Zentralasiens zum Golf und von den Grenzen Indiens nach Bagdad. Während des Samanidenreichs breiteten sich die tadschikischen Menschen und ihre Kultur aus und die tadschikische Sprache wurde zur dominierenden Sprache. Der Samanidenstaat lebte mehr als 100 Jahre lang in Frieden, was das Wachstum von Städten, des Handwerks und die Entwicklung von Landwirtschaft, Handel und Bergbau förderte. Dies war wahrhaftig die Ära der Renaissance, die einige der weltgrößten Humanisten hervorbrachte, wie z. B. den Begründer der persisch-tadschikischen Poesie – Rudaki, der Autor des ewigen Gedichts – „Shahname“ Firdausi, und den weltberühmten Wissenschaftler Abu Ali ibn Sina (Avicenna). Allerdings unterminierten und schwächten innere Konflikte und häufige Überfälle von Nomaden den Samanidenstaat, der 999 unter dem Angriff der türkischsprechenden Stämme zusammenbrach. Die Dynastien von Karachaniden (im Norden) und Ghaznawiden (im Süden) bildeten ihre Macht auf den Ruinen des Samanidenstaats.

Zu Beginn des 13. Jahrhunderts (1219–1221) wurde Zentralasien auf Befehl von Dschingis Khan von Mongolen überfallen. Das Land war komplett verwüstet, Städte waren zerstört, Gärten und Weinberge wurden zu Weideland für die Pferde der Invasoren. Kurz vor seinem Tod teilte Dschingis Khan die Ländereien unter seinen Söhnen auf. Die kulturellen Hauptgebiete Zentralasiens gingen an das Reichsgebiet (unabhängige Fürstentümer) seines zweiten Sohnes Tschagatai. Die Menschen widersetzten sich. Der größte Aufstand brach 1238 in Buchara aus, der von einem Handwerker namens Mahmud Tarabi angeführt wurde. Ein weiterer Aufstand in Samarqand wurde von „Sarbadaren“ angeführt, gehängten Männern, die die mongolische Armee in Buchara besiegten, wodurch ein neuer Herrscher an die Macht kam: Tamerlan.
Timurs Aufstieg an die Macht 1370 setzte feudalen Fraktionen zeitweilig ein Ende. Timur erschuf infolge seiner vielzähligen Kampagnen zur Eroberung östlicher Länder und seiner unerhörten Grausamkeit und seines Genozids an der Persisch sprechenden Bevölkerung im Besonderen ein riesiges Reich, dessen Hauptstadt in Samarqand lag. Der Großteil des heutigen Tadschikistans war Teil von Timurs Reich. Während der Herrschaft seines Sohns und besonders seines Enkels Ulugh Beg – berühmter Wissenschaftler, Astronom und loyaler Herrscher – wurde die großflächig verlassene Oase Zentralasiens durch das Florieren von Astronomie, Mathematik, Geschichte, Literatur und Kunst wieder erneuert. Aber der Kampf zwischen den Dynastien und Überfälle von Nomaden bedrohten auch dieses Reich. Der Anführer der usbekischen Nomadenstämme, Mohammed Scheibani Khan, der in Ural lebte, nutzte die Feindschaft zwischen den Nachfahren Timurs aus und marschierte 1500 bis 1507 in Zentralasien ein. Während seiner Herrschaft bestand der Staat aus unabhängigen Fürstentümern, wobei die größten Taschkent, Smarqand, Buchara und Balch waren.
Von 1557 bis 1598 wurde Zentralasien von Sheibani Abdullah Khan regiert, der das Königreich Buchara gründete. 1598 wurde Abdullah Khan getötet und die Macht ging zu der Dynastie der Aschtarchaniden über, die die Herrscher einer Mongolen-Dynastie waren. In dieser Periode wurde stromabwärts von Amudarja das Fürstentum Khivin gegründet. Aufgrund dieser kontinuierlichen Kriege und exzessiven Steuern ging die Wirtschaft dieses Gebiets zurück. All die darauffolgenden Jahrhunderte blieb dieses Fürstentum rückständig und politisch isoliert. Das, was heute im modernen Tadschikistan als Fürstentümer Kulob, Hissar, Karategin, Darvoz, Wakhan und Sugnan bezeichnet wird, existierte bereits. Die Mehrheit der Tadschiken Zentralasiens lebte in den Fürstentümern Buchara und Kukand und eine Minderheit in unabhängigen Fürstentümern.
Während der zweiten Hälfte des 14. Jahrhunderts wurden Gebiete Zentralasiens von Russland und Türkistan eingenommen und ein Gesamtstaat wurde auf seinem neuen Territorium gebildet. Die nördlichen Gebiete von Tadschikistan und den Pamiren waren Teil dieses neuen Territoriums und die zentralen und südlichen Gebiete (östliches Buchara genannt) wurden zum Eigentum des Vassalen des russischen Zars – Emir von Buchara. Am Ende des 14. Jahrhunderts setzte die Zarenregierung landwirtschaftliche Reformen um, d. h., dass die niedergelassene Bevölkerung bewässerte Ländereien erhielt, jedoch wurde der Großteil der Ländereien zugunsten der Regierungsfonds zurückgehalten. Steuererhöhungen, zahlreiche Zölle und illegale Aktivitäten lösten in diesen Emiratsgebieten häufige Unruhen aus. Besonders einer der größten Aufstände fand 1888 in Baljuvanbekstvo statt, das von Köderproduzent Vose beherrscht wurde. 1900 probten Bauern des Fürstentums Kelif 1901 in Denau und 1902 in Qurghonteppa den Aufstand. All diese Aufstände der ländlichen Bauern wurden grausam unterdrückt.
Durch den ersten Weltkrieg wurden der Widerstand und die Auflösung der Gesellschaft besonders verstärkt. Im Sommer 1906 brach die größte Revolution aus, die von der Armee Emirs unterdrückt wurde. Am 31. März 1917 beeinflusste das Verwaltungszentrum von Russland Zentralasien und bewirkte, dass der turkestanische Gesamtstaat abgesetzt wurde.
Am 6. Oktober 1920 wurde die erste Nationalversammlung von Buchara ausgerufen und die Volksrepublik Buchara wurde gegründet. Bauern waren von Steuern befreit, vom Krieg betroffenen Haushalten wurden Darlehen, Samen und landwirtschaftliche Werkzeuge gegeben. 1924 entstand ein neuer Staat in Zentralasien: die Usbekische Sozialistische Sowjetrepublik, die auch die Tadschikische Autonome Sozialistische Sowjetrepublik umfasste. 1929 wurde die Tadschikische ASSR zur unabhängigen Tadschikischen Sowjetischen Sozialistischen Republik reformiert.
Als ein Mitglied der UdSSR verwandelte sich die Tadschikische Republik für einen kurzen Zeitraum in ein landwirtschaftliches-industrielles Land. Tadschikistan wurde die Hauptquelle feinfaseriger Baumwolle für die UdSSR. In der Republik bildete sich eine Arbeiterklasse ebenso wie eine nationale geistige Elite und die ersten höheren Bildungsinstitute entstanden. Es ist auch erwähnenswert, dass der Beitrag Tadschikistans im Kampf gegen den Faschismus im zweiten Weltkrieg von nicht geringer Bedeutung war. Mehr als 190.000 Gesandte kämpften an Kriegsfronten und mehr als 60.000 Menschen arbeiteten in Militärfabriken Sibiriens und anderen Städten Russlands. Vierundfünfzig Gesandten der Republik wurden als Helden der Sowjetunion die höchsten Militärorden verliehen. Nach dem Ende des Kriegs wuchs die Wirtschaft von Tadschikistan auf ein neues Niveau. Die Produktion von Rohbaumwolle nahm weiter zu. Tadschikistan als Teil der UdSSR nahm den ersten Platz bei der Produktivität von Baumwolle und den dritten beim Bruttoertrag ein.
Die Industrie war aufgrund des Baus einiger großer Wasserkraftwerke, darunter Nurek, das größte in Zentralasien, gut entwickelt.
Im September 1991 entstand mit dem Zusammenbruch der Sowjetunion ein neuer Staat auf der Weltkarte – die unabhängige Republik Tadschikistan. 1992 entstanden kritische politische Konflikte aufgrund von regionalen Clan-Konflikten, was zu einem Bürgerkrieg führte. Langwierige Verhandlungen zwischen Tadschiken unter der Schirmherrschaft der UNO, die im April 1994 begannen, wurden mit der Unterzeichnung des Vertrags für Frieden und Versöhnung in Tadschikistan am 27. Juni 1997 vom Präsident Tadschikistans, E. Rahmon, und A. Nuri, dem Führer der Vereinigten Tadschikischen Opposition in Moskau abgeschlossen.
Heute ist Tadschikistan ein unabhängiger Staat, der von 117 Ländern weltweit anerkannt wird. Das Land ist ein vollwertiges Mitglied der UNO und anderen internationalen Weltorganisation.