Jusqu’au milieu du premier millénaire avant J.C., le territoire de l’actuel Tadjikistan, entre l’Amou-Daria et le Syr-Daria, était occupé par des tribus de l’Iran oriental. La Bactriane et la Sogdiane étaient les deux États les plus anciens, situés sur les berges de l’Amou-Daria supérieur et moyen. Aux 6e-4e siècles, ils faisaient partie de l’empire achéménide formé par les Perses. Les plaines agricoles de la Sogdiane, qui englobaient les vallées de la Ferghana et du Zeravchan et atteignaient l’Ouest de Boukhara, ont joué un rôle important dans le commerce international, car elles étaient situées sur les routes qui reliaient la Chine à l’Asie centrale. L’empire achéménide s’est effondré en 330 avant J.C. écrasé par les troupes gréco-macédoniennes. Les Bactriens, les Sogdiens et les autres peuples de l’Asie centrale furent conquis malgré leur résistance héroïque à l’armée d’Alexandre le Grand.

Environ 200 ans plus tard, les populations de la Bactriane et la Sogdiane, avec l’appui des tribus nomades massagètes, se sont libérées du joug gréco-macédonien. Un nouvel État fut fondé en Bactriane, le Tokharistan, qui devait ensuite former, avec la Sogdiane, l’immense empire des Kouchans. La Route de la Soie traversait le Tokharistan : la soie était achetée sur les marchés près de la rivière Tarima et partaient vers l’ouest dans les empires grecs et romains. Dans l’autre sens, on envoyait en Chine de la verroterie (comme le cristal et les perles de verre multicolores) venus de Rome et Byzance, des ornements et des pierres précieuses d’Asie centrale et du papier, des étoffes de laine et des épices d’Inde.

Au 5e siècle, les Hephtalites régnaient sur le Tokharistan, la Sogdiane et d’autres parties de l’Asie centrale, puis au 6e siècle, des tribus nomades turcophones occupèrent la région. Les Sogdiens ont eu une grande influence sur les nomades qui, en s’installant, se sont mélangés à la population locale. Aux 6e et 7e siècles, il y avait beaucoup d’esclaves au Tokharistan et en Sogdiane et un système féodal avait déjà commencé à se mettre en place. Cela a permis une croissance rapide de l’économie et de la culture. On a exploité des mines de fer, de cuivre, de lazurite et de rubis et construit des canaux pour irriguer les plaines arides. Les villes féodales ont pris de l’importance avec le développement de l’artisanat et du commerce. On parlait surtout le bactrien et le sogdien –des langues iraniennes occidentales. L’intensification des relations féodales a permis l’émergence de nombreuses cités indépendantes. Cependant, elles étaient faibles et n’ont pas pu résister aux Arabes qui, aux 7e et 8e siècles, ont envahi l’Asie centrale.

Les populations de la Sogdiane et du Tokharistan ont toujours cherché à se libérer. Dans ce climat de révoltes permanentes, les Arabes eurent beaucoup de difficultés à asseoir leur domination sur l’Asie centrale avec l’aide de leurs gouverneurs généraux et ils eurent souvent eu recours à l’aide des seigneurs locaux. Cela prépara le terrain de la libération de l’Asie centrale du joug arabe. C’est ainsi qu’à la fin du 9e siècle, naquit l’État tadjik des Samanides, indépendant du califat de Bagdad (successeur de Mahomet). À son apogée, le royaume s’étendait des déserts de l’Asie centrale au golf persique et des frontières de l’Inde à Bagdad. Les hommes et la culture prirent de l’importance et la langue tadjike s’est imposée. L’État samanide vécut en paix pendant plus de cent ans pendant lesquels se développèrent les villes, l’artisanat, l’agriculture, le commerce et l’extraction de minerais. C’était une vraie Renaissance qui produisit de grands humanistes, comme le fondateur de la poésie perso-tadjike, Rudaki, l’auteur d’un poème immortel, Ferdowsi avec son « Chakh-namé », ou encore le savant encyclopédiste de renommée mondiale, Abu Ali Ibn Sina (Avicenne). Malheureusement, des conflits internes et les fréquents raids nomades affaiblirent et fragilisèrent l’empire samanide, qui effondra en 999 sous les coups de tribus turcophones. Sur ses ruines, furent fondés les royaumes des Karakhanides (au nord) et des Ghaznévides (au sud).

Au début du 13e siècle (1219-1221), l’Asie centrale fut envahie par les Mongols commandés par Gengis Khan. Le pays fut complètement dévasté, les villes rasées, les vergers et les vignobles transformés en pâturage pour les chevaux des envahisseurs. Peu avant sa mort, Gengis Khan partagea les terres qu’il avait conquises entre ses enfants. Les principales régions agricoles de l’Asie centrale furent intégrées aux oulous (principautés indépendantes) de son deuxième fils Djaghataï. Plusieurs révoltes éclatèrent, dont la plus importante en 1238 à Boukhara sous l’impulsion d’un artisan Mahmoud Tarabi. Les « sarbadârs » (les brigands), lancèrent une autre insurrection à Samarkand qui leur permis de vaincre l’armée mongole à Boukhara et d’installer au pouvoir un nouveau chef, Tamerlan.

L’arrivée de Timour au pouvoir en 1370, mit temporairement un terme aux querelles féodales. Grâce à ses nombreuses campagnes militaires pour conquérir les pays de l’Est, une cruauté inouïe et les génocides perpétrés, particulièrement à l’encontre des populations perses, il bâtit un immense empire avec pour capitale Samarkand et dont faisait partie la plus grande partie de l’actuel Tadjikistan. Pendant le règne de son fils, et surtout de son petit fils Ouloug Bek –remarquable savant, astronome et administrateur loyal- dans l’oasis largement abandonnée qu’était l’Asie centrale s’épanouirent de nouveau l’astronomie, les mathématiques, l’histoire, la littérature et les arts. Cependant, les luttes de pouvoir et les raids nomades fragilisèrent cet empire aussi. Le chef de tribus nomades ouzbèkes Mouhammad Shaybânî Khan, qui vivait dans l’Oural, profita des querelles qui opposaient les descendants de Timour pour venir envahir l’Asie centrale en 1500-1507. Sous sa férule, l’État était constitué de principautés indépendantes, dont les plus importantes étaient Tachkent, Samarkand, Boukhara et Balkh.
De 1557 à 1598, l’Asie centrale est dirigée par Shaybani Abdullah Khan, le fondateur du Royaume de Boukhara. Il est assassiné en 1598 et le pouvoir passe aux mains des Astrakhanides, chefs d’une dynastie mongole. C’est à cette période que dans le cours inférieur vallée de l’Amou-Daria est fondée la principauté de Khiva. Les nombreuses guerres et des impôts excessifs provoquent le déclin de l’économie régionale. Pendant des siècles , le khanat est arriéré et isolé politiquement. Ce que l’on connait actuellement au Tadjikistan, comme les principats de Koulyab, Hisor, Karateguine, Darvaz, Vakhan et Shignan, existaient déjà. La majorité des Tadjiks d’Asie centrale habitaient les principautés de Boukhara ou de Kokand et une minorité dans des principautés indépendantes.
Dans la seconde moitié du 19e 14 e siècle, une grande partie de l’Asie centrale passe sous protectorat russe et le Turkestan et un gouvernement général est installé. Les régions septentrionales du Tadjikistan et du Pamir faisaient partie de ce nouveau territoire tandis que celles du centre et du sud (appelée Boukhara oriental) restaient sous la domination du vassal du tsar russe, l’émir de Boukhara. À la fin du 19e siècle, le gouvernement tsariste mit en place des réformes agraires, qui visaient à allouer des champs irrigués aux populations sédentaires, même si la majorité des terres étaient conservées au profit de la couronne. Une forte augmentation des impôts, les nombreuses corvées et les injustices provoquèrent de fréquents désordres. L’une des pires révoltes éclata en 1888 dans le bekstvo de Baldjouan sous l’impulsion d’un forgeron, Vose. Les fermiers se soulevèrent en 1900 dans le bekstvo de Kélif, en 1901 à Denau, en 1902 à Kourgan Tioube. Toutes ces insurrections paysannes furent sévèrement réprimées.
Pendant la Première Guerre mondiale, ce mouvement d’opposition et de désintégration de la société s’intensifia. À l’été 1906 éclata une importante révolution qui fut matée par l’armée de l’émir. L’administration centrale russe usa de son influence en Asie centrale et le 31 mars 1917 le gouvernement général du Turkestan fut aboli.
Le 6 octobre 1920, la première assemblée nationale de Boukhara fut proclamée et la République soviétique populaire de Boukhara établie. Les fermiers furent exemptés d’impôts, les ménages touchés par la guerre reçurent de l’argent, des semences et des machines agricoles. En 1924, un nouvel État vit le jour en Asie centrale, la République socialiste soviétique d’Ouzbékistan qui incluait aussi la République socialiste soviétique autonome du Tadjikistan. Celle-ci obtint son indépendance en 1929 pour devenir la République socialiste soviétique du Tadjikistan.
Membre de l’URSS, la République tadjike se transforme en peu de temps un pays agro-industriel. Elle devient le premier producteur de coton fin d’URSS. Une classe de travailleurs se constitue ainsi qu’une élite intellectuelle et les premiers établissements d’éducation supérieure sont fondés. Il faut aussi noter que le Tadjikistan a largement participé à la lutte contre le fascisme pendant la Deuxième Guerre mondiale. Plus de 190 000 personnes ont combattu sur les différents fronts et plus de 60 000 autres ont travaillé dans des sites militaires en Sibérie et dans d’autres villes de Russie. Cinquante-quatre soldats ont reçu la plus haute distinction militaire, le titre de Héros de l’Union soviétique. Après la guerre, l’économie de la République connait un nouvel essor. La production de coton brut continue d’augmenter. Le Tadjikistan soviétique était à la première place en termes de productivité et la troisième pour sa production brute.
L’industrie a pu se développer grâce à la construction d’importantes centrales hydro-électriques, dont l’une, celle de Nurek, est la plus grosse d’Asie centrale.
En septembre 1991, après le démantèlement de l’Union soviétique, un nouvel État indépendant fait son apparition sur la carte du monde : la République du Tadjikistan. En 1992 un grave conflit politique sur fond clanique et régional se transforme en guerre civile. De longues négociations menées avec les différentes parties sous l’égide de l’ONU à partir d’avril 1994 conduisent à la signature d’un traité de paix et de réconciliation le 27 juin 1997 par le Président du Tadjikistan E. Rahmon et A. Nuri, le chef de l’Opposition tadjike unie à Moscou.
Actuellement, le Tadjikistan est un État indépendant, reconnu par 117 pays. Il est membre à part entière de l’Organisation des Nations unies et d’autres organisations internationales.