Hasta mediados del primer milenio a. C., el territorio de la Tayikistán moderna en las áreas de los ríos Amu Daria y Sir Daria se encontraban tribus iranias orientales. Bactriana y Sogdiana eran los estados más antiguos, situados en los bancos superiores y medios del Amu Daria. Entre los siglos VI y IV a. C., estos Estados eran parte del Imperio aqueménida fundado por los persas. El área agrícola de Sogdiana, que incluía los valles de Ferganá y Zeravshan y la zona de Bujará al oeste, desempeñaba un papel importante en el comercio internacional, ya que por aquí se extendían rutas comerciales que conectaban China con Asia Central. El Estado aqueménida colapsó en 330 a. C. bajo la presión de las fuerzas greco-macedonias. Los bactrianos, los sogdianos y otros pueblos de Asia Central fueron conquistados pese a su heroica resistencia ante el ejército de Alejandro Magno.

Unos 200 años después, la población de Bactriana y Sogdiana, junto a las tribus nómadas masagetas, derrocaron el poder greco-macedonio. Se fundó entonces un estado en Bactriana/ Tocaristán, que luego junto a Sogdiana pasaron a formar parte del gran reino kushán. La Ruta de la Seda cruzaba por Tocaristán; la seda se compraba entonces en los mercados cercanos al río Tarima y era luego enviada a los países occidentales de los imperios greco-romanos. En la dirección opuesta, de Roma y Bizancio a China se importaban productos de vidrio (como cristal y finas cristalerías multicolores), desde Asia Central se importaban adornos y gemas, mientras que, de India, papel, telares de lana y especias.

En el siglo V, Tocaristán, Sogdiana y otras áreas de Asia Central se encontraban bajo el régimen heftalita y luego, en el siglo VI, tribus nómades túrquicas ocuparon la misma región. Sogdiana tuvo una gran influencia por parte de los nómadas, que al asentarse se mestizaron con la población local. Durante los siglos VI y VII, hubo muchos esclavos en Tocaristán y Sogdiana, mientras que al mismo tiempo ya había comenzado la fundación del sistema feudal. Como resultado, la economía y la cultura se desarrollaron rápido. Hierro, cobre, lazurita y rubíes se extraían de sus minas y se construyeron canales de regadío que llegaban a zonas áridas. La importancia de las ciudades feudales comenzó a crecer, mientras que las artesanías y el comercio se desarrollaban. Los idiomas principales eran el bactriano y el sogdiano, que eran lenguas iranias. Con el desarrollo de relaciones feudales, surgieron entonces numerosos principados independientes. Sin embargo, eran débiles y no pudieron resistirse a los árabes, quienes en los siglos VII y VIII invadieron Asia Central.

La población de Sogdiana y Tocaristán peleó hasta el cansancio por su liberación. Debido a las continuas revueltas, resultó difícil para los árabes mantener el control de Asia Central a través de sus gobernadores generales; por lo tanto, en más de una ocasión acudieron a la ayudar del servicio de socios feudales. Su participación preparó el terreno para la liberación de Asia Central del régimen árabe. Entonces, a fines del siglo IX, independientes del califato bagdadí (sucesor de Mohammed), se formó el estado tayiko de los samánidas. En el período de su crecimiento más extensivo, los samánidas se extendían desde los desiertos de Asia Central hasta el golfo, y desde los límites de India hasta Bagdad. Durante el Imperio samánida, el pueblo tayiko y su cultura se esparcieron y la lengua tayika comenzó a predominar. El estado samánida vivió en paz por más de 100 años, lo que estimuló el crecimiento de ciudades, de sus artesanías y del desarrollo agrícola, comercial y minero. Esta fue realmente su era renacentista, que produjo algunos de los mayores humanitarios del mundo, como el fundador de la poesía persa tayika Rudaki, creador del poema inmortal Shahname Firdwasi, y el científico enciclopedista Abu Ali Ibn Sina (Avicena). Sin embargo, conflictos internos y ataques nómadas frecuentes socavaron y debilitaron el estado samánida, que en 999 colapsó ante el ataque de tribus túrquicas. Las dinastías karajánidas (en el norte) y gaznávidas (en el sur) fundaron el poder a partir de las ruinas del Estado samánida.

A comienzos del siglo XIII (1219-1221), Asia Central fue invadida por los mongoles bajo el comando de Gengis Khan. El país quedó completamente devastado, sus ciudades destruidas y jardines y viñedos convertidos en pastizales para los caballos de los invasores. No mucho antes de su muerte, Gengis Khan dividió las tierras invadidas entre sus hijos. Las principales áreas culturales de Asia Central se fueron a ulus (principados independientes) de su segundo hijo Chagatai. El pueblo mostró resistencia. La mayor revuelta se desató en 1238 en Bujará, liderada por un artesano Mahmud Tarabi. Otra revuelta en Samarcanda fue liderada por los sarbadar, hombres ahorcados, quienes vencieron al ejército mongol en Bujará y trajeron al poder a un nuevo gobernante: Tamerlán.

El ascenso al poder de Timur en 1370 puso fin temporalmente a las facciones feudales. Timur, como resultado de las numerosas campañas para conquistar los países orientales y la inaudita crueldad y el genocidio especialmente hacia la población de habla persa, construyó un enorme imperio con su capital en Samarcanda. La mayor parte de la Tayikistán actual era parte del imperio de Timur. Durante el reinado de su hijo y especialmente durante el de su nieto Ulugh Beg —destacado científico, astrónomo y gobernante leal— el gran oasis abandonado de Asia Central se restauró con el florecimiento de la astronomía, matemática, historia, literatura y arte. Pero los conflictos interdinásticos y los ataques nómadas también socavaron el imperio. El líder de las tribus nómadas uzbekas Muhammad Shaibani Khan, que vivió en Ural, aprovechando la hostilidad entre los descendientes de Timur, invadió Asia Central entre 1500 y 1507. Durante su gobierno, el Estado consistió en principados independientes; entre los más grandes se encontraban Tashkent, Samarcanda, Bujará y Balj.
De 1557 a 1598, Asia Central fue gobernada por Shaibanid Abdulla Khan, lo que dio lugar al reino Bujará. En 1598, Abdulla Khan fue asesinado y el poder se traspasó a la dinastía astracana, gobernantes de una dinastía mongol. En su período, se formó el principado de Amu Daria Khivin. Debido a sus continuas guerras e impuestos excesivos, la economía del área fue en detrimento. Todos los siglos subsiguientes de este principado mantuvieron la tendencia negativa, así como también una desconexión política. Lo que hoy se conoce en Tayikistán como los principados de Kulyab, Gissar, Karategin, Darvaza, Vakhan y Xugnan todavía existen. La mayoría de los tayikos de Asia Central vivían en los principados de Bujará y Kokand, mientras que una minoría en principados independientes.
Durante la segunda mitad del siglo XIV, Rusia y Turquestán conquistaron áreas de Asia Central y formaron un gobierno general en el territorio. La zona norte de Tayikistán y los Pamir formaron parte de este nuevo territorio, mientras que el centro y sur (llamados también Bujará Oriental) quedaron en manos del vasallo del zar ruso, emir de Bujará. A fines del siglo XIV, el gobierno zarista implementó reformas agrarias que se tradujeron en una población asentada con tierras de regadío, aunque la mayoría fueron limitadas para beneficio de los fondos del gobierno. Aumentos en los impuestos, numerosas imposiciones tributarias y la ilegalidad provocaron que el desorden frecuente el emirato. Especialmente con una de las revueltas más grandes, sucedida en 1888 en Baljuvanbekstvo, liderada por el amistoso Vose. En 1900, campesinos de Kelif Bekstvo desataron una rebelión, en Denov en 1901 y en Kurgan Tube en 1902.
La Primera Guerra Mundial intensificó particularmente la oposición y desintegración de la sociedad. En el verano de 1906, se desató la mayor revolución, reprimida por el ejército de Emir. El 31 de marzo de 1917, el centro administrativo de Rusia influyó en Asia Central y causó que se aboliera el gobierno general de Turquestán.
El 6 de octubre de 1920, se proclamó la primera asamblea en Bujará y se fundó la República Soviética Popular de Bujará. Los trabajadores agrícolas fueron eximidos de impuestos, los hogares afectados por la guerra recibieron préstamos, semillas y herramientas agrarias. En 1924, surgió un nuevo Estado en Asia Central: la República Socialista Soviética de Uzbekistán, que incluía también a la República Autónoma Soviética de Tayikistán. En 1929, esta república se reformó y pasó a ser independiente como la República Socialista Soviética de Tayikistán.
Como miembro de la URSS, la República de Tayikistán se transformó en un país de industria agrícola por un corto período. Tayikistán se convirtió en fuente de fibras finas de algodón para la URSS. Se formó una clase trabajadora en la república, así como también una intelligentsia nacional, y se crearon instituciones de educación superior. También cabe destacar que la contribución de Tayikistán en la lucha contra el fascismo en la Segunda Guerra Mundial fue de cierta importancia. Más de 190.000 soldados pelearon en los frentes de batalla y más de 60.000 trabajaron en las plantas militares de Siberia y otras ciudades de Rusia. Cincuenta y cuatro soldados de la república fueron premiados con el más alto galardón como Héroes de la Unión Soviética. Después de la guerra, la economía tayika creció a un nuevo nivel. La producción de algodón sin procesar continuó al alza. Tayikistán, como parte de la URSS, pasó a ser la primera en productividad de algodón y la tercera en rendimiento bruto.
La industria alcanzó un buen nivel de desarrollo debido a la construcción de varias estaciones de energía hidráulica, entre las cuales se encontraba Nurek, la más grande de Asia Central.
En septiembre de 1991 con la caída de la Unión Soviética, emergió un nuevo Estado en el mapa mundial: la república independiente de Tayikistán. En 1992, se desató un conflicto político crítico por clanes regionales, lo que terminó en una guerra civil. En abril de 1994, comenzaron negociaciones prolongadas entre los tayikos con la tutela de las Naciones Unidas, que concluyeron con el Tratado para la Paz y Reconciliación en Tayikistán el 27 de junio de 1997 firmado por el presidente de Tayikistán E. Rahmon y el líder de la Oposición Tayika Unida en Moscú A. Nuri.
Hoy, Tayikistán un Estado independiente reconocido por 117 países en todo el mundo. El país es miembro pleno de la ONU y otras organizaciones internacionales.